多物種遺傳變異數(shù)據(jù)庫
近日，華中農業(yè)大學信息學院生物信息團隊在Nucleic Acids Research中發(fā)表題為“Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation”的研究論文。該研究通過收集包括水稻，玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息，構建了植物中首個多物種的高質量遺傳參考變異庫，為植物遺傳育種研究提供了寶貴資源。
基因型填充（Genotype imputation）是根據(jù)參考面板（reference panles，又譯參考集）中的單體型和基因型對目標樣本中缺失基因型的估計填充過程。基因型填充可有效增加單核苷酸多態(tài)性（SNPs）密度，因此被廣泛用于相對便宜和低密度的SNP芯片的填充以進行大規(guī)模全基因組關聯(lián)研究（GWAS）。然而，大多數(shù)植物缺乏高質量的參考面板，這極大限制了基因型填充在植物中的應用。
為克服這一限制，研究團隊開發(fā)了植物遺傳參考變異庫--Plant-ImputeDB，數(shù)據(jù)庫整合了包括水稻，玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息和全基因組重測序數(shù)據(jù)（包括34,244個樣本的約6,990萬個SNP的遺傳變異信息），構建了植物中首個多物種參考面板的綜合數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫提供在線的基因型填充，支持SNP和基因組block兩種方式搜索、瀏覽并提供相應數(shù)據(jù)下載，同時接受不同類型的基因組變異數(shù)據(jù)的提交，提供對所有公開可用數(shù)據(jù)的免費和開放訪問，以支持全球范圍相關研究。
信息學院碩士研究生高英杰、博士研究生楊植全、楊文倩為論文并列第一作者，牛曉輝副教授、楊慶勇副教授和龔靜教授為論文共同通訊作者，博士研究生楊彥波參與了研究工作，該研究成果得到中央高校基本科研業(yè)務費、國家重點研發(fā)計劃、華中農大科技創(chuàng)新基金等項目資助。
數(shù)據(jù)庫鏈接：http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953
行業(yè)：
魯公網安備 37060202000128號
