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華中農業(yè)大學發(fā)布首個多作物遺傳變異參考面板數(shù)據(jù)庫

放大字體  縮小字體 時間:2020-11-17 09:07 來源:華中農業(yè)大學 原文:
核心提示:近日,華中農業(yè)大學信息學院生物信息團隊在Nucleic Acids Research中發(fā)表題為“Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation”的研究論文。該研究通過收集包括水稻,玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息,構建了植物中首個多物種的高質量遺傳參考變異庫,為植物遺傳育種研究提供了寶貴資源。

  多物種遺傳變異數(shù)據(jù)庫

  近日,華中農業(yè)大學信息學院生物信息團隊在Nucleic Acids Research中發(fā)表題為“Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation”的研究論文。該研究通過收集包括水稻玉米小麥油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息,構建了植物中首個多物種的高質量遺傳參考變異庫,為植物遺傳育種研究提供了寶貴資源。

  基因型填充(Genotype imputation)是根據(jù)參考面板(reference panles,又譯參考集)中的單體型和基因型對目標樣本中缺失基因型的估計填充過程。基因型填充可有效增加單核苷酸多態(tài)性(SNPs)密度,因此被廣泛用于相對便宜和低密度的SNP芯片的填充以進行大規(guī)模全基因組關聯(lián)研究(GWAS)。然而,大多數(shù)植物缺乏高質量的參考面板,這極大限制了基因型填充在植物中的應用。

  為克服這一限制,研究團隊開發(fā)了植物遺傳參考變異庫--Plant-ImputeDB,數(shù)據(jù)庫整合了包括水稻,玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息和全基因組重測序數(shù)據(jù)(包括34,244個樣本的約6,990萬個SNP的遺傳變異信息),構建了植物中首個多物種參考面板的綜合數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫提供在線的基因型填充,支持SNP和基因組block兩種方式搜索、瀏覽并提供相應數(shù)據(jù)下載,同時接受不同類型的基因組變異數(shù)據(jù)的提交,提供對所有公開可用數(shù)據(jù)的免費和開放訪問,以支持全球范圍相關研究。

  信息學院碩士研究生高英杰、博士研究生楊植全、楊文倩為論文并列第一作者,牛曉輝副教授、楊慶勇副教授和龔靜教授為論文共同通訊作者,博士研究生楊彥波參與了研究工作,該研究成果得到中央高校基本科研業(yè)務費、國家重點研發(fā)計劃、華中農大科技創(chuàng)新基金等項目資助。

  數(shù)據(jù)庫鏈接:http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/

  原文鏈接:https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953
日期:2020-11-17
 
 
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