近期，中國農(nóng)業(yè)科學院蔬菜花卉研究所蔬菜分子設(shè)計育種創(chuàng)新團隊在《核酸研究（Nucleic Acids Research）發(fā)表研究論文，報道了第三版十字花科數(shù)據(jù)庫（BRAD V3.0）的重建升級。該數(shù)據(jù)庫整合了已發(fā)表的十字花科物種基因組、轉(zhuǎn)錄組等組學數(shù)據(jù)資源，已成為十字花科植物最重要的數(shù)據(jù)庫之一，對十字花科植物組學數(shù)據(jù)資源的挖掘利用和分子設(shè)計育種的研究具有重要的價值。

　　據(jù)王曉武研究員介紹，十字花科植物包含模式植物擬南芥，以及白菜、甘藍、油菜等重要的蔬菜和油料作物，具有非常重要的科研和經(jīng)濟價值。其中許多重要物種的大量組學數(shù)據(jù)（包括基因組、轉(zhuǎn)錄組和變異組等）已陸續(xù)被報道。科研團隊于2011年率先主導完成白菜基因組的測序及組裝，并建立了十字花科蕓薹屬作物基因組數(shù)據(jù)庫Brassica database（BRAD, http://brassicadb.org）。2015年該數(shù)據(jù)庫整合了13個十字花科物種的基因組數(shù)據(jù)及共線性關(guān)系的信息，并升級到2.0版本。該數(shù)據(jù)庫極大地促進了國內(nèi)外蕓薹屬物種的研究。隨著測序技術(shù)的發(fā)展，越來越多的十字花科組學數(shù)據(jù)被公布，BRAD數(shù)據(jù)庫面臨不斷地更新和升級的需求。

 

　　該研究通過重建BRAD數(shù)據(jù)庫，收錄整合了36個十字花科物種基因組及308份樣品的轉(zhuǎn)錄組和3個物種（白菜、甘藍和油菜）群體變異數(shù)據(jù)，并搭建了共線性分析等重要工具，升級為BRAD V3.0版本。其主要特點在于提供了系統(tǒng)的十字花科物種間基因共線性關(guān)系，極大地方便了利用擬南芥基因功能信息對十字花科作物開展深入研究。另外，該數(shù)據(jù)庫還新增了微共線性分析、系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建、變異圖譜和引物設(shè)計等特色功能。構(gòu)建了簡單且用戶友好的網(wǎng)絡(luò)界面，有利于非信息專業(yè)研究人員和育種工作者訪問、查詢和分析數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫長期持續(xù)地更新十字花科物種組學數(shù)據(jù)，為十字花科作物功能基因組研究和分子設(shè)計育種提供重要的信息平臺和數(shù)據(jù)支撐。

 

　　該研究獲得國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金以及中國農(nóng)業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程等資助。