北京市農林科學院謝華/姜全團隊在桃高質量基因組組裝和基于結構變異圖譜解析桃扁平果形遺傳機制方面取得了突破性進展。相關研究論文“Genome structure variation analyses of peach reveal population dynamics forbid a 1.67 Mb causal inversion for fruit shape”于2021年1月5日在國際權威期刊《Genome Biology》（IF= 10.806）正式在線發(fā)表。
果形圓/扁是桃果實最重要的外觀品質之一，受6號染色體上S位點控制，此位點果形決定基因一直是研究熱點。針對這一問題，基于高深度的PacBio和Illumina測序數(shù)據(jù)，完成了我院培育的蟠桃品種“瑞油蟠1號”高質量基因組de novo組裝（Contig N50高達11.5 Mb），是迄今為止組裝質量最高的桃基因組；結合各主要產區(qū)的桃品種高深度重測序數(shù)據(jù)，構建了高質量的桃遺傳變異圖譜；通過對比分別基于SNP、InDel和SV的全基因組關聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)一個1.67 Mb的雜合倒位結構變異與果實扁表型共分離；通過eGWAS方法，確定了該變異與其上游的PpOFP2基因表達量顯著關聯(lián)；通過番茄轉基因實驗驗證了該基因對果實縱向生長的負調控作用。基于該項研究成果，開發(fā)了用于桃育種果形早期檢測的PCR引物，準確率達100%，已申請國家發(fā)明專利。該研究為開展桃優(yōu)異種質基因資源的挖掘、闡明桃重要農藝性狀形成的遺傳機制提供了重要資源和思路借鑒。
我院生物中心博士后官健濤、徐搖光助理研究員和于洋助理研究員為該論文并列第一作者，生物中心謝華研究員、魏建華研究員和林果所姜全研究員為并列通訊作者。該研究得到國家重點研發(fā)計劃“主要經濟作物優(yōu)質高產與產業(yè)提質增效科技創(chuàng)新”項目（2018YFD1000200）、院基因組協(xié)同創(chuàng)新項目 （KJCX201907-2） 和院生物技術平臺項目的資助。該成果是我院重要果樹基因組育種團隊在桃重要農藝性狀研究領域發(fā)表的第2篇高水平研究論文。
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https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02239-1
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