近日，珠江水產(chǎn)研究所龜鱉遺傳創(chuàng)新團(tuán)隊在黃喉擬水龜染色體水平基因組精細(xì)圖譜繪制方面取得新進(jìn)展，相關(guān)研究論文“Chromosome?level genome assembly of Asian yellow pond turtle （Mauremys mutica） with temperature?dependent sex determination system”發(fā)表于Scientific Reports （IF2021=4.379）上（https://doi.org/10.1038/s41598-022-12054-2）。珠江所劉曉莉為該論文第一作者，朱新平研究員為通訊作者。該論文得到國家重點研發(fā)計劃（2018YFD0900201; 2018YFD0900203）等項目的資助。

 

　　黃喉擬水龜（Mauremys mutica）俗稱石龜、石金龜，隸屬龜鱉目（Testudines）、潮龜科（Geoemydidae）、擬水龜屬（Mauremys），具有較高的食用、藥用和觀賞價值。主要分布在我國的華東、華南地區(qū)以及越南和日本。黃喉擬水龜是我國重要的大宗淡水養(yǎng)殖龜類。該團(tuán)隊通過PacBio三代測序、Hi-c輔助組裝、全長轉(zhuǎn)錄組輔助注釋等技術(shù)深入解析了黃喉擬水龜基因組精細(xì)圖譜，這是黃喉擬水龜?shù)谝粋€染色體水平的基因組。通過測序，我們獲得了280.42Gb clean data,覆蓋率達(dá)到119X,組裝后的基因組大小為2.23 Gb, contig N50為8.53 Mb，scaffold N50為141.98 Mb。通過Hi-c輔助組裝獲得了26條染色體。比較基因組學(xué)分析表明，蜥蜴-蛇-楔齒蜥分支與鳥-鱷-龜分支在283.1-320.5 Mya發(fā)生了分化。此外，與鈣信號、神經(jīng)活性配體-受體相互作用和激素信號通路的擴(kuò)展相關(guān)的基因和基因家族受到了正選擇，表面它們可能在黃喉擬水龜中性別調(diào)節(jié)發(fā)揮了重要作用。基因組的解析為進(jìn)一步闡明黃喉擬水龜生物遺傳變異與分子進(jìn)化的遺產(chǎn)基礎(chǔ)及遺傳育種與品種改良提供了基礎(chǔ)。